Semuanya dimulai ketika Perguruan Muhammadiyah Kota Bekasi didirikan pada awal dekade 1960-an. Pada saat itu, hanya terdapat dua lembaga di sana, yaitu lembaga Pendidikan Guru Agama tingkat Pertama (PGAP, setingkat MTs) dan lembaga Pendidikan Guru Agama tingkat Atas (PGAA). Seperti namanya, pada saat itu lulusan MTs/MA Sederajat telah boleh mengajar sebagai guru agama di sekolah-sekolah. Namun, pada pertengahan dekade 1970-an, terdapat peraturan baru yang menyatakan bahwa lulusan tingkat MTs/Sederajat tidak boleh langsung mengajar menjadi guru, melainkan harus melanjutkan pendidikan terlebih dahulu di PGAA. Maka dari itu, pada 1974 berdirilah MTs Muhammadiyah 02 Bekasi yang menggantikan lembaga PGAP. Barulah pada pertengahan dekade 1980-an, terdapat peraturan yang menyatakan bahwa guru agama baru diperbolehkan mengajar setelah mendapat gelar sarjana. Maka pada masa tersebut, PGAA dibubarkan dan diganti dengan Sekolah Pendidikan Guru (SPG) yang berada di bawah naungan Departemen Pendidikan. Namun, lembaga tersebut hanya bertahan setelah meluluskan satu angkatan, dankemudian diubah menjadi SMA Muhammadiyah 9 Bekasi.
Lalu, di mana MA Muhammadiyah 03?
Pendiriannya pertama kali diinisiasi oleh seorang tokoh Muhammadiyah di Kota Bekasi bernama Khatib Abbas. Beliau tergerak melakukannya untuk menambah jumlah madrasah di lingkungan perguruan dan memberikan sekolah lanjutan bagi para pelajar lulusan MTs. Maka dari itu, pada pertengahan tahun 1985, tepatnya pada pertengahan bulan Juli tahun itu, MA Muhammadiyah 03 Bekasi resmi didirikan. Madrasah ini didirikan tepat di atas MTs Muhammadiyah 02 Bekasi. Hal ini dilakukan sebagai simbol bahwa MAM 03 merupakan lanjutan dari MTs dan untuk memudahkan pihak Depag pada saat itu untuk melakukan pengawasan. Pada awal berdirinya, MA Muhammadiyah 03 Bekasi menggunakan kurikulum ilmu agama, yang berarti bahwa 70% pelajarannya merupakan pelajaran agama, dan sisanya merupakan pelajaran ilmu umum. Beberapa pelajaran yang diajarkan di sana adalah ilmu hadits, ilmu kalam, ilmu falaq, balaghah, nahwu sharaf, sirah, dsb. Hal inilah yang kemudian menjadi daya tarik bagi MAM 03. Pada saat itu, para pelajar Magasi terkenal akan kemampuan mereka yang besar di bidang agama. Tak heran, karena kurikulum yang digunakan di sekolah mereka kurang lebih sama dengan kurikulum yang diajarkan di pondok pesantren. Pada akhir abad ke-20, MA Muhammadiyah 03 Bekasi mencapai masa kejayaannya. Namun keadaannya berbalik, ketika memasuki awal abad ke-21.
Pada saat itu, terdapat aturan baru yang menyatakan bahwa MA yang menggunakan kurikulum agama harus memiliki asrama bagi para pelajarnya. Hal ini dilakukan untuk mendukung kegiatan pembelajaran yang padat. Karena pada saat itu keadaan sarana dan prasarana di MA Muhammadiyah 03 Bekasi masih kurang memadai, maka kurikulum yang digunakan pun diubah menjadi kurikulum ilmu-ilmu alam. Kurikulum ini bertahan beberapa lama hingga memasuki dekade kedua di abad ke-21. Namun karena pelajar pada saat itu dianggap kurang mumpuni dan memiliki minat yang kurang dalam bidang keilmuan tersebut, maka kurikulumnya kembali diganti menjadi kurikulum ilmu-ilmu sosial. Hal inilah yang membuat minat masyarakat terhadap MA Muhammadiyah 03 Bekasi semakin menurun karena menganggap bahwa terdapat sekolah lain yang lebih bermutu dalam kurikulum di bidang keilmuan yang sama. Berangsur-angsur, jumlah muridnya semakin menurun. Maka, datanglah wacana untuk menggabungkan MAM 03 dengan sekolah lain di Perguruan Muhammadiyah Kota Bekasi atau bahkan membubarkannya. Namun, wacana tersebut ditentang oleh beberapa pihak, terutama oleh para guru dan anggota organisasi/ortom Muhammadiyah yang dulunya merupakan alumni MA Muhammadiyah 03 Bekasi.
Hingga tahun 2023, MA Muhammadiyah 03 Bekasi telah meluluskan lebih dari 35 angkatan dari awal berdirinya. Pada saat ini, jumlahnya pun meningkat hingga menembus melebihi 50 pelajar di tiga angkatan (sebelumnya hanya kurang dari 40). Hingga saat ini, MA Muhammadiyah terus bertahan dan selalu berusaha untuk selalu berkembang guna mempertahankan eksistensinya, terutama di lingkungan Perguruan Muhammadiyah Kota Bekasi dan untuk terus menyebarkan pesan-pesan Islam Berkemajuan yang dibawa oleh Persyarikatan Muhammadiyah.
